gatk callSNP 和bcftools call snp 哪个会更好一些，bcftools得到的 all raw vcf.gz ,也是使用4.snp_indel的过滤1/2/3 步骤进行过滤嘛？过滤1：gatk VariantFiltration过滤2：vcfutils.pl过滤3：vcftools。 - 组学大讲堂问答社区

gatk callSNP 和bcftools call snp 哪个会更好一些，bcftools得到的 all raw vcf.gz ,也是使用4.snp_indel的过滤1/2/3 步骤进行过滤嘛？过滤1：gatk VariantFiltration过滤2：vcfutils.pl过滤3：vcftools。

0 条评论

默认排序时间排序

1 个回答

omicsgene - 生物信息 2023-07-31 06:02

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

两种方法都是可以的，不过大多数文章用GATK

得到vcf文件，后面过滤代码都可以用

1 关注
0 收藏，1006 浏览
红红火火提出于 2023-07-29 21:39