IsoSeq3分析中用lima去除测序引物和barcode没有结果

5 IsoSeq3分析中用lima去除测序引物和barcode没有结果

回答问题即可获得 10 经验值，回答被采纳后即可获得 10 金币。

在用IsoSeq3分析时

1）ccs --minLength=200 --minReadScore=0.75 --minPredictedAccuracy=0.8 --numThreads=20 --noPolish --minPasses=1 --reportFile=test.ccs_report.txt test.subreads.bam test.ccs.bam

2）lima test.ccs.bam adapter.fasta test.demux.ccs.bam --isoseq --no-pbi

在第二步生成的结果没有test.demux.ccs.bam，但程序也没有报错，请问会有什么原因造成？？

0 条评论
分类：三代测序

默认排序时间排序

3 个回答

microRNA 2018-11-28 09:45

这个不好判断，需要看具体的情况

1. 先检查一下第一步ccs 生成的文件，里面有个report 文件吧，看看统计信息。

2. 再检查一下第二步lima 里面有个summary 文件。

可以截个图过来看看。

yuanzhi0618 2018-11-28 13:49

好的 ~~老师

老师还有个问题，我看不懂这些文件中每个统计的含义，请问下可以在那里找到这些文件的结果说明文档吗？
下面是CCS report 截图

lima的summary文件

田萧 2019-07-24 13:10

您好，请问问题解决了么，请问我CCS处理结果得到的ccs.bam中大概有3W条reads，用lima再处理之后只剩了1000+reads，请问是哪里的问题

5 IsoSeq3分析中用lima去除测序引物和barcode没有结果

3 个回答

相似问题