老师,您好,我在运行gatk的HaplotypeCaller时,过程中总是显示:WARN Strand BiasBySample - Annotation will not be calculated,genotype is not called or alleleLikelihoodMap is null 属于正常现象么?而且,运行这样一个样本数据真菌的,参考基因组为32.2Mb大概需要运行多久呢?

老师,您好,我在运行gatk的HaplotypeCaller时,过程中总是显示:WARN Strand BiasBySample - Annotation will not be calculated,genotype is not called or alleleLikelihoodMap is null 属于正常现象么?而且,运行这样一个样本数据真菌的,参考基因组为32.2Mb大概需要运行多久呢?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

WARN 警告一般忽略就行,

这个时间和你的电脑性能还有数据量有关,你耐心等待吧,几分钟,几小时,十几个小时都有可能;

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  • 叶雪儿 提出于 2023-08-29 10:49

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