计算直系同源基因的KAKS时,发现KS>1,是不是哪里算错了?用KAKS-Calculate2.0算的,为什么KS大于1呢,然后黄老师给的关于介绍KSKS的文章链接上面并没有解决这个问题

黄老师给的这个链接:计算Kaks你可以了解一下kaks :https://www.omicsclass.com/article/699 并没有解决问题

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

ks>1 是有可能的,概念是这么定义的:


Ka和Ks的计算公式:

Ka=发生非同义替换的SNP数      或者     非同义替换位点数

Ks=发生同义替换的SNP数     或者       同义替换位点数


但是会会考虑不同碱基之间替换发生概率不同,会用到不同的替换模型,因此不是简单的根据概念计算的;

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  • 提出于 2023-09-03 00:29

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