Fasttree构建进化树关于文件格式转换。

run_pipeline.pl -Xmx30G  -SortGenotypeFilePlugin -inputFile $vcf  \

    -outputFile clean.sorted.vcf.gz -fileType VCF


run_pipeline.pl  -Xmx5G -importGuess  clean.sorted.vcf.gz  \

    -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter

请问老师,在构建进化树时第一步排序是否是必须的?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你可以试一下,不排序如果不报错就没问题

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  • shidandan 提出于 2023-09-07 10:48

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