基因组装注释的时候,10.PASA_updata的目的是什么,可以跳过这个步骤吗?因为是群体的注释,所有跳过了PASA,之间用训练集做的从头预测,因此这一步比对不上,env整合用上了stringtie和三个从头组装的结果进行整合,是否可以直接用env.gff3进行基因过滤后,作为最后的结果?
Launch_PASA_pipeline.pl \
-c annotCompare.config \
-g contig.fa \
-t ../04.PASA_assembly/all_transcripts.fasta.clean \
-A -L --annots ../09.EVM/evm.gff3 \
--CPU 10