基因组注释 PASA_updata

基因组装注释的时候,10.PASA_updata的目的是什么,可以跳过这个步骤吗?因为是群体的注释,所有跳过了PASA,之间用训练集做的从头预测,因此这一步比对不上,env整合用上了stringtie和三个从头组装的结果进行整合,是否可以直接用env.gff3进行基因过滤后,作为最后的结果?

Launch_PASA_pipeline.pl \

-c annotCompare.config \

-g  contig.fa \

-t ../04.PASA_assembly/all_transcripts.fasta.clean \

-A -L --annots ../09.EVM/evm.gff3 \

--CPU 10


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