运行命令:
$samtools sort -@ 4 -O bam -o RNA.bam RNA.sam
是在上一步生成sam文件时出现问题。
命令:
minimap2 -ax map-ont RNAseq.min RNA.clean.fa.gz >RNA.sam
在这一步中使用的测序结果数据RNA.clean.fa.gz是fasta格式的,错误。应该是fastq格式的才可以