braker.pl运行中断

attachments-2023-10-MTr3lmym65308f5ecf06b.jpg老师好,我用以下代码运行:braker.pl --species=$species \--genome=$contig \ --softmasking \ --bam=rnaseq.bam \--gff3 --skip_fixing_broken_genes  --fungus。前面没有问题,braker.log 停止在perl /share/work/biosoft/GeneMark-ES/latest/gmes_linux_64_4//gmes_petap.pl 。没有报错信息,在GeneMark-ET文件夹下的gmes.log有显示error,但是没提醒具体的问题。请问如何解决?是用的docker运行genomic-annotation这个镜像attachments-2023-10-9mQH0uXS65308f2e844a3.pngattachments-2023-10-DJgdXvR365308eb34d0b5.png

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1 个回答

CaiMJ - 科研人员

在GeneMark-ET.stdout文件中最后报错:

error, file not found /share/work/biosoft/GeneMark-ES/GeneMark-ES-v4.69/gmes_linux_64_4/parse_ET.pl: set.out

error on call: /share/work/biosoft/GeneMark-ES/GeneMark-ES-v4.69/gmes_linux_64_4/parse_ET.pl --section ET_A --cfg  /work/genome/annotation/output/docker/test/03.Braker/braker/GeneMark-ET/run.cfg  --v


可是parse_ET.pl文件是可以找到的,是权限问题吗?

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  • CaiMJ 提出于 2023-10-19 10:08

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