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老师您好,在跑TCGA生存分析的时候,在进行lapply()的时候一直报错。Error in terms.formula(formula, special, data = data) : ExtractVars里的模型公式不对
生存分析
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TCGA
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microRNA
2018-12-03 12:52
从错误信息来看,应该是你取 varnames 有问题(基因名称),跟单因素分析中用的表达量矩阵中的基因ID不一致。导致公式报错。
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爱睡觉的秋刀鱼
提出于 2018-12-01 11:35
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生存分析
0 回答
老师,想请教一下TCGA基因表达数据的问题,我从xena.ucsc网页上下载了基因表达数据TCGA-CESC.htseq_counts.tsv;然后发现该数据中只有Ensembl格式的基因ID ,没有SYMBOL格式的。所以接下来进行基因ID格式转换,却发现同一个SYMBOL ID对应的多个Ensembl格式的ID,想问下老师,这种情况该怎么处理?同一个SYMBOL ID所对应的多个Ensembl格式ID的基因表达数据应该留下哪一个?
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