老师好，我在运行PASA_assembly时，因为做的是真菌，best_candidate.gff3有6514个基因，有编码潜力的只有588个，最后筛选的high_quality_gene.gff3只有1538，过滤掉距离太短的只剩下994。您说2500个基因左右即可，但是我预测出来的基因远低于这个数值。有必要在哪一步进行优化吗？
真菌的基因特点大多为单外显子，你需要设置参数避免过滤掉太多信息；
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