重测序分析，当数据比对到参考基因组上，去重复并建立索引后，我们给的下一步是：对map结果进行QC分析，然后进行GATK的call SNP

对map结果进行QC分析，也没有根据这个结果对数据处理的流程

我看有的教程上是需要碱基质量重校正，BQSR，之后生成新的bam，在进行call SNP

目前不知道GATK 的call SNP前怎么处理了，问题叙述如上，麻烦老师请解答