5 基因的共线性分析
最近在做基因的共线性分析，由于该领域知识匮乏！急需大神的指点和帮助！
我现在的情况是这样的：
1、我目前有9条不同基因序列（来自不同物种的同源序列）
2、我想要分析一下这几条基因序列之间的共线性关系
问题是：
1、我查阅部分文献，很多涉及到微共线性分析，我的这些基因是否可以那么做？如果做的话，是只需要完整的基因序列？还是需要前后扩展部分序列？
2、如果要做共线性分析，用MCscanx能用自己创建的蛋白序列文本进行吗？我应该怎么做？
最佳答案 2018-12-04 16:00
MCScanX一般是做基因组之间的共线性，你9条序列做不了共线性。
你想找9条基因之间的关系，可先做不同物种的所有的共线性关系，然后看你的9条基因在不同物种之间是否存在共线性关系，也就是子集，可以类似做个这样的图：
共线性分析见：
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