水稻样品，重测序3个样本，深度分别为13×和60×和3×，然后得到了all.clean.vcf里面只有一万多的snp。但是我们老师call到的snp太少了，老师说就是即便是同一个品种测了两次，也不会只有一万多的snp，至少几十上百万。我参数用的都是参照的课程的默认的。请问是什么问题呢？为啥会出现这种情况？我接下来具体应该怎么做呢？
你看看过滤条件是不是太严格了，毕竟你的有个样本测序深度只有3X
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