重测序

水稻样品,重测序3个样本,深度分别为13×和60×和34×,然后得到了all.clean.vcf里面只有一万多的snp。但是我们老师call到的snp太少了,老师说就是即便是同一个品种测了两次,也不会只有一万多的snp,至少几十上百万。我参数用的都是参照的课程的默认的。请问是什么问题呢?为啥会出现这种情况?我接下来具体调整哪些步骤的哪些参数呢?麻烦说的详细一些

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omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

看看这个问题:https://www.omicsclass.com/question/6277

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