需要进行基因家族分析,请问如何鉴定一个基因家族?
一类基因家族的基因,往往都含有相同的保守结构域,这些保守结构域收录在pfam数据库当中。
基因家族的鉴定可采用hmmer搜索的方法:
首先你要知道你要研究的基因家族的Pfam编号,然后可到pfam数据库当中根据编号下载对应的保守结构域的隐马尔科夫模型,就可以用hmmer根据你下载的隐马尔科夫模型搜索鉴定自己物种中的基因家族了。当然这只是最简单的方法,具体操作还可与其他方法联合使用,提高鉴定的准确性。
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