fastq.gz文件合并

双端测序，同一个样品重测序数据是分两台机器测的，导致释放给我的fastq.gz文件有两份，我能在linux中采用下面的命令直接将两份文件合并吗？会影响文件里的read？

zcat filename.R1.fastq.gz filename2.R1.fastq.gz | gzip - > filename. R1.fastq.gz

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2023-11-30 17:19

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

对的，可以的，直接cat也行，速度快：

cat filename1.R1.fastq.gz  filename2.R1.fastq.gz  > filename.R1.fastq.gz
cat filename1.R2.fastq.gz  filename2.R2.fastq.gz  > filename.R2.fastq.gz