SNP过滤问题

使用vcftools过滤SNP时有错误,查看输出日志发现After filtering, kept 200 out of 200 Individuals

Outputting VCF file...

After filtering, kept 0 out of a possible 26630017 Sites

No data left for analysis!

Run Time = 433.00 seconds。就没有了 。请问老师为啥会显示没有数据可控分析呢?代码是课上的代码:vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout \

    --maf 0.05  --max-missing 0.7  --minDP 4  --maxDP 1000  \

    --minQ 30 --minGQ 80 --min-alleles 2  --max-alleles 2 |gzip - > all.clean.vcf.gz

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

这个参数 过滤的时候慎重,一般不过滤:--minGQ 80

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  • shidandan 提出于 2023-12-02 16:12

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