这个参数 过滤的时候慎重,一般不过滤:--minGQ 80
使用vcftools过滤SNP时有错误,查看输出日志发现After filtering, kept 200 out of 200 Individuals
Outputting VCF file...
After filtering, kept 0 out of a possible 26630017 Sites
No data left for analysis!
Run Time = 433.00 seconds。就没有了 。请问老师为啥会显示没有数据可控分析呢?代码是课上的代码:vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout \
--maf 0.05 --max-missing 0.7 --minDP 4 --maxDP 1000 \
--minQ 30 --minGQ 80 --min-alleles 2 --max-alleles 2 |gzip - > all.clean.vcf.gz