gvcf文件,是应该转换成vcf文件后进行硬标记过滤?还是说可以硬标记过滤完转换?二者有前后顺序影响吗?
第二个问题就是,硬标记过滤程序跑起来很慢很慢,大约一天才可以标记1G左右,这是因为什么呢?
gvcf是中间文件,不能用于过滤,建议看看课程: https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ
对的GATK过滤本身就是很慢,慢慢等吧;
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