老师您好,在call snp这一步,我采用ParaFly工具多任务并行, ‘nohup ParaFly -c gvcf.sh -CPU 16& ’ 。我有500GB 的物理内存,gvcf.sh当中的-Xmx设定为20g,是否会造成内存利用不足,我想缩短这一步的时间,还需要再增加-Xmx设定的值吗?用top命令查看,每个任务的物理内存使用不到2g,是不是意味着再增加内存也不会加快呢?谢谢!
任务快慢与否不仅和内存有关,还和CPU性能有关,如果有大量数据读写还和硬盘读写速度有关;
xmx只是限制最大使用内存,并不是程序真正使用内存;
这一步gvcf内存对速度影响不大
如果觉得我的回答对您有用,请随意打赏。你的支持将鼓励我继续创作!