vcftools --vcf GT_AGCT_Liujingyan.vcf --max-missing 0.5 --maf 0.05 --remove-indels -- min-alleles 2 --max-alleles 2 --minDP 2 --minQ 20 --recode -- stdout >SNP_filter_maf0.05_miss0.5.vcf在这基础上增加杂合率，激昂杂合率设为80%或者60%，如果是自交系或纯合体，杂合率设为10%-20%怎么改 - 组学大讲堂问答社区

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分类：重测序

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2024-01-03 11:14

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

vcftools 没有这个功能，你可以看看他的帮助：https://vcftools.sourceforge.net/man_latest.html

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追梦提出于 2024-01-03 10:50