老师您好，在GWAS分析后是基于SNP附近10K获取相关的基因，那么选择清除分析需要吗？脚本里两个是有区别的。

#筛选候选区域基因

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cd  $workdir/05.select_sweep

#以Fst top 5%的区域作为候选区域，筛选区域里面的基因为例

#合并区域 新版bedtools 不允许bed文件有表头 2023.11.1

sed '1d' fst_pi_ROD/Fst.wild.cultivated_selected_region_top0.05.txt | bedtools merge -i - >fst_top0.5_selected_region.txt

#gff中获取基因位置

awk '$3=="gene"' $GFF > gene.gff

#筛选受选择区域内基因

bedtools  intersect -wo -F 0.1 -nonamecheck -a  fst_top0.5_selected_region.txt -b gene.gff | sort -u  > Fst.top0.05.gene.txt