在构建进化树的时候,发现分组与拟南芥中的不同,比如A4分组被分开了,请问有什么解决方法吗?老师我看到了这个问题您回答说调整多序列比对结果,具体是怎么调整呢?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

进化树结构与预期不符解决办法:

1.调整序列比对结果,trimAL 参数调整

2. 构建进化树的方法换一下试试,NJ,ML等

3.如果是ML法,选择的核算或者氨基酸的替换模型可以换一下试试

建议看看进化树构建原理,希望对你有所启发:https://www.omicsclass.com/article/2010

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