都加上吧,基因组的一部分不能少 了;
请教老师,在导入db这一步中,除了染色体,参考基因组还有contig7,contig53,contig164,这种怎么处理呢,-L 参数后面还需要跟contig吗?chr.list表格里还需要加上contig吗?
gatk --java-options "-Xmx400g" GenomicsDBImport \
-L chr.list --tmp-dir $tmpdir -R $REF --batch-size 20 \
--reader-threads 60 --max-num-intervals-to-import-in-parallel 20 \
--genomicsdb-workspace-path db --sample-name-map cohort.sample_map