变异结果过滤,gatk VariantFiltration

请教老师,在gatk VariantFiltration过滤这一步中,我们服务器每分钟处理的变异数只有1500左右(图1),我看课程演示里能达到几万到十几万(图2),导致我跑完这一步需要花上一个月左右,是我服务器性能方面的原因吗?这一步我分配了500g内存。attachments-2024-01-1CbUV3Ir65adcf111c775.png(图1)

attachments-2024-01-s657RTpq65adcf2bdc742.png(图2)

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

速度和内存没关系,GATK本身比较慢,数据量大就会很慢,慢等吧,

不至于一个月,几天吧

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