单细胞测序数据FindAllMaker查找不同Cluster的Marker基因

老师好!我想在注释细胞亚群之前提取不同Cluster的Marker基因,但课程讲解和提供的代码是先注释不同亚群再进行不同亚群Marker基因的提取,代码如下:Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \

 -p FindAllMarkers --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25 。我执行后报错:Warning: When testing 14 versus all:

        every gene contains at least one zero, cannot compute log geometric means

data frame with 0 columns and 0 rows

Error in `group_by_prepare()`:

! Must group by variables found in `.data`.

• Column `cluster` is not found.

Backtrace:

    ▆

 1. ├─obj.markers %>% group_by(cluster) %>% ...

 2. ├─dplyr::top_n(., n = opt$top_n, wt = avg_log2FC)

 3. │ └─dplyr::filter(...)

 4. ├─dplyr::group_by(., cluster)

 5. └─dplyr:::group_by.data.frame(., cluster)

 6.   └─dplyr::group_by_prepare(.data, ..., .add = .add, caller_env = caller_env())

 7.     └─rlang::abort(c("Must group by variables found in `.data`.", glue("Column `{unknown}` is not found.")))

Execution halted 想请教老师应该怎么解决?谢谢老师

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

可以设置这个参数--group.by,默认是 metadata文件里面的cluster列细胞分类类型,你看看你的metadata文件设置一下这个参数:--group.by

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

谢谢老师,但是FindAllMarkers这个脚本里添加不了 --group by,添加后报错,想问下老师应该添加到哪里?attachments-2024-01-ezL1EBgd65b46f50cbf77.jpg

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