Tassel进行自己的GWAS分析中,自动分析pca时,不生成pca1~3文件(使用的是服务器)

attachments-2024-01-dnCSLBN965b391bcbe4ca.png

执行以下命令,可以显示以上结果,应该是运行过程没有问题。但是实际上并不生成任何文件。

run_pipeline.pl -Xmx30G -fork1 -h hapmap.ordered.hmp.txt \

    -PrincipalComponentsPlugin  -ncomponents 3  -covariance true -endPlugin \

    -export pca -runfork1


attachments-2024-01-NbneLEoz65b38fd806f02.png

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2 个回答

Changing

直接在命令行降低了-Xmx参数:attachments-2024-01-8N1rlV6z65b45d916a456.JPG结果有了一点变化:

attachments-2024-01-8PqK2IpA65b45dc927ea8.JPG下边提供了解决方案,我先试试。把java堆内存大小设置到100G,就可以运行了。

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omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你在容器里面,free -h 看看内存够不够;

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