执行以下命令,可以显示以上结果,应该是运行过程没有问题。但是实际上并不生成任何文件。
run_pipeline.pl -Xmx30G -fork1 -h hapmap.ordered.hmp.txt \
-PrincipalComponentsPlugin -ncomponents 3 -covariance true -endPlugin \
-export pca -runfork1
直接在命令行降低了-Xmx参数:结果有了一点变化:
下边提供了解决方案,我先试试。把java堆内存大小设置到100G,就可以运行了。
你在容器里面,free -h 看看内存够不够;
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