不支持三组之间比较,只支持两组之间比较;
如果要三组以上比较建议用lefse分析;
微生物16S分析物种功能预测PICRUSt2部分,进行代谢通路差异比较可视化时,如果是三组之间比较分析,这个代码应该怎么修改,谢谢老师!Rscript $scriptdir/ggpicrust2.r --daa_method $m \
--pathway_table q2-picrust2_output/pathway_abundance.qza \
-m $metadata -o q2-ggpicrust2_output \
--top 20 --p_values_threshold 1 \
-t type -a A -b B -p pathway_group_q2