前段时间，我们实验室在公司测了序，公司用samtools call出单个样本的rawvcf文件，合并之后发现samtools不像GATK的文件gvcf那样保存与参考基因组相同的位点，而是在合并之后都变成了缺失，想咨询一下samtools call出的这组数据还可以用吗，有什么办法能够在合并时区分相同和缺失以方便后续操作？
samtools 结合 bcftools call SNP；
建议你用我嘛课程里面GATK流程吧，比较主流；
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call SNP主流都是用GATK，虽然会慢一些，但是认可度很高。用samtools的都是为了省事，途快，一般都不用这个的。建议你重新使用gatk做一下吧。
