老师您好，我按照课程，gatk VariantFiltration 过滤，这一步跑了1个月才跑完，all.raw.vcf.gz文件58G，跑完生成的 all.raw.gatked.vcf.gz文件大小只有13G，最后的all.clean.indel.vcf.gz 和 all.clean.snp.vcf.gz大小分别只有6、14M，请教老师这正常吗？
这个我不知道你的测序深度，还有物种基因组大小，还有你过滤的参数；不好评估SNP数量上的多少是否合理。
建议多尝试过滤参数，在质量和数量上取一个平衡；符合自己的预期即可；
如果觉得我的回答对您有用，请随意打赏。你的支持将鼓励我继续创作！
