你的输入文件有问题吧,结构变异的文件格式可能有些格式问题;
建议自己收到转换需要的格式;
老师您好 我在用plink将vcf转tped格式的时候出现了报错Error: .bim file has a split chromosome. Use --make-bed by itself to remedy this. 添加--make-bed后依旧没有解决 命令:
plink --vcf SV.vcf --maf 0.01 --geno 0.5 --recode 12 transpose --out SV_filter --set-missing-var-ids @:# --allow-extra-chr --keep-allele-order --make-bed