jcvi微共线区域(Microsynteny)可视化

博主您好,我是一名本科生,近日在学习JCVI的时候遇到了一些问题看了您2023-08-15的回答,有些问题想跟您请教:在绘制微观图时,我用的是六个物种的基因组,看它们共有的一个家族基因的共线性,block文件如图所示attachments-2024-02-ZACmekEG65d95763e3eee.png

但是这里它涉及了多个物种的多条染色体,在做layout文件的时候我有点犯难了,我想要的效果是吧这些物种的每一个染色体都分开,看他们彼此间的贡献性关系,我想请问一下您如何对这些染色体进行拆分,和您的这个图一样:

attachments-2024-02-6Zs7EhNP65d9580db158d.png

这种两条染色体要咋分开捏

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

这里有课程你可以学习一下:https://bdtcd.xetslk.com/s/24yiRs

见局部共线性那一节

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每天学习一点点

你好,这个染色体在画布上的摆放位置是layout布局文件指定的,您想让这两条染色体在同一条水平线上出现只需要指定相同的纵坐标即可。当然也推荐您看一下我们的课程,便于您更好的了解和使用这个功能丰富的软件:https://bdtcd.xetslk.com/s/24yiRs

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