群体遗传SNP获取

老师,群体遗传中使用指令zcat clean.vcf.gz|grep -v "#"|wc -l查看不同样品共获得多少SNP,请问可以使用什么指令查看样品之间共有的SNP呢?

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

zcat clean.vcf.gz|这个就是所有样本共有的SNP;

不知道你说的共有概念是什么?

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叶雪儿

老师,这个指令是不同样本针对于参考基因组所筛选到的所有样本共有的SNP,我想获得的是每个样品过滤后SNP数目,以及这些样品与样品之间剔除有差异的SNP后获得共有的SNP

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