在学习基因组重测序过程中,执行变异结果统计与绘图展示的命令报错

执行命令:perl $scriptdir/vcf_stat.pl -vcf snp.unknown_multianno.vcf -type snp

perl $scriptdir/vcf_stat.pl -vcf indel.unknown_multianno.vcf -type indel

报错:2024-03-26 10:56:32:    Rscript /work/my_reseq/scripts/barplot.r -i /work/my_reseq/5.var_ann/SNP_gene_ann.stat -o /work/my_reseq/5.var_ann -n SNP_gene_ann
--> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/
--> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index
Error in library("getopt") : there is no package called ‘getopt’
Execution halted
2024-03-26 10:56:33:    Error: command fail: Rscript /work/my_reseq/scripts/barplot.r -i /work/my_reseq/5.var_ann/SNP_gene_ann.stat -o /work/my_reseq/5.var_ann -n SNP_gene_ann with error :256
已经安装了R语言的package包还是出错,不能解决问题
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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

请在我们提供的docker镜像里面运行代码,不然自己配置环境会遇到问题;

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池yi鱼

老师,就是用提供的docker镜像里面运行的

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  • 提出于 2024-03-26 11:13

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