WGCNA所用样本可以来源于不同实验（如发育时期、胁迫处理等）一块进行分析吗？只有一个实验的表型数据可以直接进行关联分析吗？

1、转录组数据来源：

（1）4个发育时期，3个重复（自测）（因为样品量只有4×3=12，单独进行WGCNA结果不太可靠）；

（2）5个发育时期，3个重复（NCBI）；

（3）胁迫处理和对照，3个时期，3个重复；

2、表型数据：

（1）只有自测数据的4个发育时期的表型数据。
注：以上材料为同一品种。

如果“1”中的转录组数据可以合并使用，表型数据的关联分析是什么逻辑呢？是不是直接利用NCBI上的RNA-seq数据，然后结合自己测定的一些RNA-seq和表型进行相关分析呢？》、

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2024-03-28 18:39

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

最好是一批数据，不然会有批次效应，结果就不可靠；建议不同来源的数据合并之前做一下批次效应去除，可以分析一下；