5 GWAS文件格式转换的时候出问题

这是运行的命令run_pipeline.pl -Xmx30G  -SortGenotypeFilePlugin -inputFile $vcf  \
    -outputFile clean.sorted.vcf.gz -fileType VCF

run_pipeline.pl  -Xmx50G -importGuess  $vcf  \
    -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter

这是VCF文件attachments-2024-04-bKbAXFR96610d6a0bd0f5.png这是报错信息attachments-2024-04-JhTeXJPc6610d6afe67fb.png

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

输入的VCF文件格式有问题吧,你检查第一列染色体是不是有异常;

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