在用SURVIVOR进行多样本SV合并时,生成的合并vcf里只保留了两个样本的信息,命令如下SURVIVOR merge sample_files 1000 2 1 -1 -1 -1 group_merged.vcf,sample_file里包含manta和delly鉴定出来的SV
可能是格式问题导致合并出现错误吧;
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因为这两个工具的vcf有问题是吗,delly鉴定的SV是这样的,SVTYPE都是BND的,这是可以的吗,manta的vcf能跑通admixture,但是delly的不行。