ANNOVAR注释问题

老师,您好,输入 table_annovar.pl $gzvcf $refdir -buildver unknown -out ./snp -remove -protocol refGene -operation g -nastring .,第一次结果输出虽然有VCF和txt两个文件,但是发现并没有把染色体注释完全,有好几条染色体没有结果。第二次运行发现,输出文件有个无效的:snp.refGene.invalid_input,并没有输出vcf文件,以及输出的注释好的文件也是不完全的,请问这是怎么回事?是内存不够吗?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

看看运行过程中最后有没有报错吧,

如果最后有killed字样就表示内存不够导致系统杀死了任务;

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  • shidandan 提出于 2024-04-19 09:51

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