16S扩增子分析中聚类分析出现问题。
###使用本课程中如下代码跑自己的项目，出现问题，求老师解答：
## 热图展示物种丰度：选择相对丰度最高的前35个物种进行展示
#heatmap plot Phylum, Class, Order, Family, Genus, Species
Rscript $scriptdir/abundance_heatmap.r --outdir abundance_heatmap_plot -T 35 -i ../05.export_data/taxa_summary/relative_abundance/feature_table_tax_L3.txt -g type group -m $metadata -n Class_abundance_heatmap
###出现了如下问题
Warning message:
In system("timedatectl", intern = TRUE) :
running command 'timedatectl' had status 1
Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, :
line 50 did not have 5 elements
Calls: read.table -> scan
Execution halted
最佳答案 2024-05-20 16:38
这个脚本有两个输入文件，你看看你的$metadata 文件，第50行是不是有问题；
如果在windows编辑文件，建议用专业的文本编辑器，避免windows和linux的兼容问题：https://www.omicsclass.com/article/395
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