我在进行变异结果质控过滤，去掉低质量的变异结果发现我材料的变异结果都是0

hrA1   1       .       A       <NON_REF>       .       PASS    END=3   GT:DP:GQ:MIN_DP:PL      ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:

0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,

0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./

.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:

0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,

0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:

0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:

0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 

./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:

0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,

0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./

.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:

0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,

0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0 ./.:0:0:0:0,0,0

请先 登录 后评论
默认排序 时间排序

1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你这个输入文件是不是GVCF，看格式不像VCF格式，你检查检查的；

请先 登录 后评论
  • 1 关注
  • 0 收藏，907 浏览
  • 马杰宇 提出于 2024-04-23 20:43

相似问题