老师，我想问一下，我在预测顺式作用元件时，在提取出来的基因上游1500bp的文件中，有的基因是这样的

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>PGSC0003DMG400010704

nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttttttttaaaaaaaTGTTTAAG

前面出现的这些n正常吗？然后后面这种有些大写有些小写的也正常吗？

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2 个回答

omicsgene - 生物信息 2018-12-17 15:27

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

正常的，基因组中基因上游可能没有组装成功；所以截取到了带有N的序列；

你可以检查一下基因组是否是这样；

小不点 2018-12-17 16:44

基因组的dna文件的确也是这样的，那我是不是继续往下做就行了，向PlantCARE中输入的时候只要把那些n删掉就行了吗？