allhic打断挂载和未打断挂载如何选择?挂载后近缘物种共线性为什么变差了?

热图与近缘物种共线性图.pdf

老师们好,我的附件中有打断挂载和未打断挂载的allhic两种热图结果,以及与近缘性物种比对的结果,contigs级别的近缘物种基本呈一条直线,allhic后就出现了问题。我使用的是hifi和hic数据。


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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

不要上传文件,直接截图;

如果你觉得你的contig组装有很多错误,你可以选择打断再挂载;

共线性不好这个不好说,可能是你的基因组组装有问题,或者近源物种本身和你的物种共线性不好也有可能;

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