扩增子:真菌ITS分析unite不匹配

# 有参考序列,目前unite没有下载到最新的参考序列

 qiime deblur denoise-other \

   --i-demultiplexed-seqs demux-joined-filtered.qza \

   --i-reference-seqs $dbdir/qiime2/unite_ver9_99_25.07.2023-Q2-2023.7.qza \

   --p-trim-length -1 \

   --p-sample-stats \

   --p-jobs-to-start 10 \

   --p-min-reads 1 \

   --o-representative-sequences deblur-repset-seqs.qza  \

   --o-table deblur-table.qza \

   --o-stats deblur-stats.qza


报错如下

                    There was a problem with the command:

 (1/1) Invalid value for '--i-reference-seqs': Expected an artifact of at

  least type FeatureData[Sequence]. An artifact of type TaxonomicClassifier

  was provided.

attachments-2024-05-RTb1LICy663c3c435754c.pngattachments-2024-05-jgijdbs8663c3c4f00835.png
老师,这是原始脚本,ITS的 和18S的'--i-reference-seqs'  都找不到
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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

是使用的我们的课程代码吗:https://bdtcd.xetslk.com/s/qZRiF

如果是的,你这个输入文件( $dbdir/qiime2/unite_ver9_99_25.07.2023-Q2-2023.7.qza)写错了,脚本里面不是这个文件

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张兆学

attachments-2024-05-loOvkhZt663c37a3665e3.pngdatabase/qiime2/   里面只有这些没有unite_ver9_99_25.07.qza

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