单细胞测序数据分析时,修改seurat对象的Idents,并添加细胞类型信息到metadata中,并增加mycelltype列时,增加不上

单细胞测序数据分析时,修改seurat对象的Idents,并添加细胞类型信息到metadata中,并增加mycelltype列时,增加不上,Rscript $scripts/seurat_add_celltype.r -i $workdir/04.seurat_integrate/pbmc.rds \

  -c celltype.tsv  -p pbmc.added.celltype   -n mycelltype,tsv文件的两列分别为cluster和celltype,是否需要将cluster改为RNA_snn_res.0.5?麻烦老师解答,谢谢老师。


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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

添加不上,报错了吗?

我们这个脚本会额外添加一列细胞分群信息到rds的metadata列里面,列名就是celltype

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

老师,还想请教下您,我能否直接用这个代码在rds文件中添加一列其它分析(如分组信息goup, stim1),如果不可以我应该怎么做?麻烦老师了,谢谢老师

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  •  提出于 2024-05-18 21:53