小麦GATK索引问题：对多个g.vcf.gz文件合并，遇到的问题？

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2 个回答

omicsgene - 生物信息 2024-05-22 10:39

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

超过500M的染色体，GATK 索引不支持；

1.解压g.vcf.gz

2. 解压后的vcf文件建立索引：

gatk --java-options "-Xmx50g"  IndexFeatureFile -I  demo.g.vcf

3.用解压后的g.vcf导入数据库

参考这里：https://www.omicsclass.com/question/7288

Smile man 2024-05-22 13:44

我们无法使用建立gvcf的索引文件，不知道是什么原因？