非模式物种数据库做GO KEGG注释,生成的pep文件为空。

我做的物种是水貂,一个非模式物种,有参考基因组。

按照课程中和的指示,下载了基因组信息(ensembel)。在进行GO 和KEGG注释时,使用蛋白序列作为基因代表序列用于同源注释出错,如下。
attachments-2024-06-DUuDnhvi665ef92ff16e9.png

gff3文件内容:

attachments-2024-06-tVBx60YK665ef936a6e3c.png

pep.all.fa文件内容:

attachments-2024-06-XUsaRCRr665ef93ed7d55.png

初步断定是我的ensemble文件出了问题。但不清楚具体问题在哪,或者我需要怎么整理?请老师告知。付费讲解也可以。谢谢!

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你这个我看不到报错信息, 你可以把运行过程中的报错信息也贴一下,不然我猜不到你哪里出错了;

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  • gongqinglong 提出于 2024-06-04 19:24

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