请问一下老师，我用hifi数据组装了一个植物基因组大小是307Mb左右，然后有330条contig。后面我用purge_dups和purge_haplotigs分别去冗余了，但purge_dups去冗余后有28条contig，purge_haplotigs去冗余后有69条contig，两种结果的BUSCO评估是一样的，前者处理后的比后者的基因组小了4Mb,我应该用哪个结果用于后续的分析呢？
要根据purge_dups出的图具体的看是否需要进行去冗余
在BUSCO没有太大改变的情况下（即完整性没有太大差异），建议选择连续性更好的组装进行后续的分析，也可以继续通过merqury做一下QV打分，看看是否有差异（组装和测序数据的QV高一些更好）。关于这两个软件的选择，有文章《Identifying and removing haplotypic duplication in primary genome assemblies》进行了比较，文中认为是purge_dups的效果更好一些。
