无参转录组GO和KEGG富集分析如何实现

在无参转录组分析中,通过Blast2go 比对得到了go和kegg注释信息,也通过Deseq2得到了差异基因,那么请问如何实现GO和KEGG的富集分析呢?在看clusterprofiler进行富集分析的时候需要两个数据,一个是gene id ,另一个是org.***.eg.db注释文件,或者是非模式生物但是有参考基因组的情况下,可以用AnnotationHub查询到参考基因组的注释文件。我的问题是没有参考基因组的转录组分析应该怎么去操作

请先 登录 后评论

1 个回答

microRNA

有了KEGG,GO的注释信息,其实做富集比较简单。

1. 可以 采用超几何检验,针对不同的pathway和GO term 进行富集分析。

attachments-2018-12-0eU8NZz05c19e8aeeb6ba.jpg

2. 具体操作的话,就需要自己去写富集分析的代码了。

请先 登录 后评论