老师您好，我按照课程提供的流程泡自己的数据，在fst pi tajimaD分析的过程中，发现生成的曼哈顿图没有数据，在第一步的过程中，我们确实成功的生成了染色体对应的起始位置和pi值，但在pi多样性绘图输出时却发现没有数据，这是怎么回事呢，请老师帮忙解决

第一步pi多样性生成的数据（pi.wild.windowed.pi）

第二步：pi多样性绘图输出时，pi_manhattan_plot.r -i pi.wild.windowed.pi -F $FAI -f 42350435 -n pi.JR.wild，我是根据自己的参考基因组中染色体的最小值来进行筛选的最小值：42350435。

但是这样生成的曼哈顿图还是没有数据，

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2 个回答

omicsgene - 生物信息 2024-06-23 11:16

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

这个文件的染色体ID（pi.wild.windowed.pi ）和fai文件的染色体ID核对一下：

染色体ID 严格区分大小写，要一模一样才行

CaiMJ - 科研人员 2024-07-22 20:40

解决了吗？我也出现这种问题，pi.wild.windowed.pi 染色体ID与fai文件的染色体ID是一致的，只是大小写的区别，有影响吗？