iqtree2 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -m TEST -B 1000 -bnni -alrt 1000 --prefix iqtree出现报错

使用run_pipeline.pl将vcf.gz文件转换为.phy文件后运行该命令,出现报错,报错内容如下图:attachments-2024-06-jZXvJ2ce667bbd5b8b55e.png

请问这是什么原因呢?是测序公司返给我的vcf.gz文件有问题还是我的命令有问题?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

转换的phy文件打开看一下,这里DNA的核酸编码:https://www.omicsclass.com/article/409,是不是还有其他字符?

检查一下;

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