单细胞测序数据KEGG富集分析执行代码后报错

nohup Rscript $scripts/enrichKEGG_pip.r --gene.list FindMarkers.deg.Enterocyte.AvsB.tsv -o KEGG -n deg.Enterocyte.AvsB --pvalueCutoff 0.05 --ann.db org.Ss.eg.db --organism ssc --idtype SYMBOL >KEGG.deg.Enterocyte.AvsB_log.out 2>&1 &执行此代码报错，且已经参考RNAseq有参转录组数据自主分析分析中的方法，--ann.db org.Ss.eg.db 和--organism ssc均按照要求进行修改，依然报错，想知道问题出在哪里？怎么解决？谢谢老师

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分类：转录组

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omicsgene - 生物信息 2024-07-04 09:59

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

非模式物种建议参考egg NOG注释之后，自己构建数据库做GO和KEGG富集分析，课程已经更新：https://bdtcd.xetslk.com/s/29EigM

 2024-07-04 14:49

是猪的数据，是模式动物的数据，我已按照脚本帮助信息进行更改，GO能够正常分析，KEGG报错。Rscript $scripts/enrichKEGG_pip.r --gene.list FindMarkers.deg.Enterocyte.AvsB.tsv -o KEGG -n deg.Enterocyte.AvsB --pvalueCutoff 0.05 --ann.db org.Ss.eg.db --organism ssc --idtype SYMBOL 想请教老师应该怎么操作？

单细胞测序数据KEGG富集分析执行代码后报错

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